Фамилия Джандыбаева — редкий пример фамилии, в которой географический корень сплавился с тюркским родовым суффиксом. Её основа — Джандыбай — почти наверняка восходит к казахскому топониму. В Казахстане есть урочище Джандыбай (в Кызылординской области, близ Аральска) и река Джандыбай (в бассейне Сырдарьи). Название, скорее всего, сложное: «жанды» — «живой, оживлённый» (от казахского «жан» — душа, жизнь) и «бай» — «богатый, хозяин». Вместе — «живой богатый» или «богатый жизнью», что могло быть прозвищем-пожеланием или характеристикой местности.

Суффикс -ева (женский вариант от -ев) указывает на принадлежность к роду: Джандыбаева значит «дочь или жена человека по имени Джандыбай». Мужская форма — Джандыбаев. Такая модель типична для русифицированных тюркских фамилий, которые закрепились в XIX–XX веках при переходе к оседлости и паспортному учёту. Фамилия не дворянская и не крестьянская в русском понимании — она отражает родовую связь с определённым местом или предком-основателем.

Версия о происхождении от личного имени Джандыбай (как составного из «жан» и «бай») тоже возможна, но топонимическое объяснение выглядит убедительнее: фамилии от названий рек и урочищ встречаются у казахов чаще, чем от редких имён. Споров вокруг корня почти нет — все гипотезы сходятся на тюркской основе и казахском ареале.

Фамилия редкая, за пределами Казахстана почти не встречается. В русскоязычных документах её могли записывать с вариантами: Джандыбаева, Жандыбаева, Яндыбаева — из-за разницы в передаче звука «ж» и мягкого «д». Носители фамилии — потомки скотоводов или земледельцев из Приаралья, чьи предки получили фамилию по месту кочевья.