Фамилия Джапарханов — редкий образец русской фамилии, образованной от тюркского составного имени. Её основа распадается на две части: «Джапар» и «хан». Первая часть восходит к арабскому имени Джафар (в тюркской огласовке — Джапар), что значит «ручей», «источник» или, в переносном смысле, «щедрый». Вторая часть — «хан» — традиционный тюркский титул верховного правителя, который в составе личных имён часто служил пожеланием власти, величия или просто усилительным компонентом. Таким образом, имя Джапархан можно перевести как «щедрый правитель» или «владыка, подобный источнику».

Суффикс «-ов» — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Джапарханов, то есть сын (или потомок) Джапархана. Фамилия закрепилась в русской среде в результате процессов христианизации и русификации тюркских народов, чаще всего — у татар, башкир, кумыков или ногайцев, чьи земли вошли в состав Российской империи. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века подобные фамилии фиксировались у крещёных татар (кряшенов) и у представителей служилых тюркских родов, которые получали фамилии по имени отца.

Интересная деталь: написание «Джапарханов» с буквой «а» в первом слоге отличает эту фамилию от более распространённой формы «Джафарханов» (с «ф»). Разница — в местной диалектной огласовке: у ряда тюркских народов (особенно у крымских татар и ногайцев) звук «ф» исторически заменялся на «п». Поэтому носители фамилии Джапарханов с высокой вероятностью происходят из регионов Северного Кавказа, Поволжья или Крыма, где этот фонетический сдвиг был нормой. Встречаются также варианты «Джапарханов» и «Джапарханов» — с разным ударением, но смысл основы остаётся тем же.

Сословная принадлежность первых носителей могла быть разной: от рядовых крестьян до мелких мурз и урядников. Поскольку «хан» в имени указывает на знатное происхождение, не исключено, что предки Джапархановых относились к местной тюркской аристократии, но со временем фамилия демократизировалась. В современной России эта фамилия встречается редко, чаще всего в Татарстане, Башкортостане и у народов Дагестана.