Фамилия Джапаров образована от личного мужского имени Джапар — диалектного варианта арабского имени Джафар. В классическом арабском языке имя Джафар означает «райский ручей», что отсылает к образу прохладного источника в садах вечности. Имя широко распространено среди иранских и тюркских народов, исповедующих ислам, и встречается в классической арабской литературе.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе имени Джапар прибавляется русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду. Таким образом, Джапаров буквально значит «сын Джапара» или «потомок Джапара». Форма Джапар возникла как местный, диалектный вариант имени Джафар: в тюркских языках звук «ф» часто заменялся на «п» из-за особенностей произношения.

Фамилия бытует в основном у народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии — там, где имя Джапар встречалось особенно часто. В русских документах фиксация фамилии шла через церковные и гражданские записи, где имя записывали на слух: отсюда возможны варианты написания Джафаров или Джаппаров, но форма Джапаров закрепилась как наиболее частая.

Если опираться на работы ономастов (например, на исследования тюркских фамилий в России), то фамилия Джапаров относится к числу тех, что возникли не от прозвища или ремесла, а от личного имени, которое несли в себе религиозный и культурный смысл. Предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми, получившими имя при рождении в честь одного из почитаемых в исламе персонажей — сподвижника пророка Мухаммеда Джафара ат-Тайяра, известного своей храбростью.