Фамилия Джаппуев — редкий случай, когда географический адрес говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Её носители почти поголовно — карачаевцы и балкарцы. Это сразу задаёт направление поиска: перед нами фамилия тюркская, северокавказская, а не русская по происхождению, хотя и оформленная русским патронимическим суффиксом -ев.

Основа фамилии — личное имя Джаппу (варианты: Жаппу, Джаппуу). В тюркских языках Северного Кавказа оно имеет прозрачную внутреннюю форму. «Джап» (жап) восходит к глаголу со значением «закрывать», «запирать», «укрывать». Суффикс -у/-ы образует имя действия или результата. Таким образом, Джаппу — это «закрытый», «запертый», а в переносном смысле — «скрытный», «замкнутый» человек. Имя могло быть дано младенцу как оберег от сглаза: считалось, что назвав ребёнка «закрытым», его как бы прячут от злых сил.

Фамилию образовали по стандартной для региона модели: к основе Джаппу добавили русский суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Получилось «сын Джаппу» или «из рода Джаппу». Такая модель закрепилась у карачаевцев и балкарцев в XIX — начале XX века, когда при российской администрации горцам массово оформляли фамилии по русскому образцу. До этого у них бытовали родовые имена без суффиксов — просто Джаппулары (Джаппуевы).

В карачаево-балкарской ономастике фамилия Джаппуев не считается древней или княжеской. Она относится к пласту поздних, «бытовых» фамилий, образованных от личных имён-прозвищ. Её носители традиционно жили в высокогорных аулах Карачая и Балкарии, занимались скотоводством. Встречается фамилия и у осетин-дигорцев, но там она явно заимствована от балкарских соседей.

Двойное написание — Джаппуев и Жаппуев — отражает разницу в произношении начального звука в разных диалектах карачаево-балкарского языка. В одних говорах «дж» звучит твёрже и ближе к русскому «дж», в других — мягче, почти как «ж». Оба варианта фамилии правильные, но в русских документах чаще фиксируется форма через «Дж».