Фамилия Джемагалдиева — редкий пример фамилии, образованной от полного арабского имени с прозрачной внутренней формой. В основе лежит мужское имя Джемагалди (варианты: Джемалгалди, Джамалгалди), которое распадается на две части: «джемал» (от арабского «джамаль» — красота, совершенство) и «галди» (искажённое «гальди» или «гельди» — от тюркского «кельди» — пришёл, явился). Буквально имя означает «красота пришла» или «явилась красота» — типичная для тюрко-мусульманской традиции составная антропонимная формула, где вторая часть часто передаёт глагол движения или состояния (ср. Айгельди — «луна пришла», Тенгриберды — «бог дал»).

Фамилия образована по русской модели: к основе Джемагалди добавлен суффикс -ев, а окончание -а указывает на женскую форму (Джемагалдиева). Мужской вариант — Джемагалдиев. Такая модель характерна для фамилий народов Северного Кавказа, особенно кумыков, ногайцев, а также для тюркских народов Дагестана, где русский суффикс приращивался к местным именам при оформлении фамилий в XIX–XX веках. Носители фамилии с высокой вероятностью происходят из районов, где распространены кумыкский или ногайский языки, либо из смешанных тюрко-кавказских групп.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог: Джемагалди́ева, хотя в устной речи возможны варианты под влиянием языка-источника. Встречаются искажения написания — через «е» или «а» в первом слоге (Джемагалдиева, Джамагалдиева), но исходная форма с «е» (Джемал) восходит к османскому или кумыкскому произношению арабского «джамаль».

Социальная история фамилии не записана в дворянских родословных книгах — это фамилия крестьянского или аульного происхождения. Предки носителя, вероятно, были скотоводами, земледельцами или ремесленниками в одном из тюркоязычных селений, где имя «Красота пришла» давали мальчику, родившемуся после долгого ожидания или в знак радости. Фамилия остаётся локальной и нечастотной — её можно встретить в Дагестане, Ставропольском крае, а также среди потомков переселенцев в Казахстане и Средней Азии.