Фамилия Джинахунов — одна из тех, что сразу выдают кавказские корни носителя. Её основа — личное имя Джинахун, которое представляет собой сложносоставную конструкцию, типичную для мусульманских имён народов Северного Кавказа и Закавказья.

Разбираем имя по частям. Первая часть, «джин», восходит к арабскому «джан» — «душа», «жизнь». В тюркских и кавказских языках это слово дало множество имён: Джан, Джана, Джангир. Вторая часть, «ахун», — тоже арабское заимствование («ахунд»), означающее «господин», «наставник», «учёный богослов», часто употреблялось как почтительное обращение к духовному лицу. Таким образом, Джинахун — это примерно «живая душа» или «духовный наставник души», имя с пожеланием долгой, осмысленной жизни или религиозного благочестия.

Словообразовательная модель проста: к имени Джинахун добавили русский патронимический суффикс -ов, который в XIX–XX веках «обрусел» фамилию, закрепив её в документах. Без суффикса фамилия звучала бы как Джинахунов — и именно так, с ударением на последний слог, она чаще всего произносится в среде носителей.

Географически фамилия Джинахунов привязана к Дагестану и, в меньшей степени, к Чечне и Ингушетии. Встречается она и среди кумыков, и среди аварцев. В дагестанском ономастиконе есть и другие фамилии, образованные от имён с компонентом «ахун»: Ахунов, Ахундов, Магомедахунов. Джинахунов стоит в этом ряду особняком из-за редкой первой части — «джин».

Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, принадлежали к духовному сословию или к зажиточным крестьянам, так как имя Ахун подразумевало уважение и грамотность. В советское время фамилия не потерялась, но её носители расселились по всей России, сохранив в основе память о религиозном наставнике и пожелании долгой жизни.