Фамилия Джинисян — армянская по происхождению, что сразу считывается по типичному суффиксу -ян. В армянской ономастике этот патронимический формант означает «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок». Джинисян — буквально «из рода Джиниса». Вопрос упирается в основу: что или кто такой Джинис?

Здесь возможны две версии, и обе рабочие. Первая: Джинис — это вариант армянского имени Дживан (Ջիվան), которое в разных диалектах могло звучать как Джинис. Имя Дживан восходит к персидскому «джаван» — «молодой, юный». В таком случае фамилия Джинисян — это «молодцовы» или «юные», то есть потомки человека, носившего прозвище Молодой. Вторая версия: Джинис — это искажённое или диалектное произношение имени Генрих (Генрихос) или даже Джон, адаптированного армянским языком. В армянских диалектах, особенно западноармянских, звук «г» часто переходит в «дж», а «р» выпадает, так что Генрих мог превратиться в Джинис.

Географически фамилия Джинисян тяготеет к исторической Западной Армении (территория современной Турции) и армянской диаспоре. Встречается у потомков выходцев из городов Киликии или района Сасуна. В России и странах бывшего СССР фамилия редкая, что говорит о том, что её носители — часть поздних волн миграции, скорее всего, после Геноцида армян 1915 года. Интересная деталь: в отличие от массовых фамилий на -ян (Петросян, Арутюнян), Джинисян не привязана к христианскому имени из святцев, что подтверждает её прозвищное или диалектное происхождение. Социально предки, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами — армянская знать чаще носила фамилии на -уни или -янц.