Фамилия Джоджуяу — редкий случай для русского ономастикона: она не славянского, а абхазского происхождения. Её носители — почти исключительно представители абхазского народа, и в самой Абхазии фамилия звучит как Џьоџьуа (в латинице — Dzhodzhua). Русское окончание -у — это адаптация абхазского суффикса принадлежности, который в русской передаче часто закрепляется как -уа или -иа. То есть перед нами не русская морфологическая модель, а транслитерация родового имени.

Основа фамилии — «джодж» (в абхазской кириллице — џьоџь), что означает «тутовое дерево» или «шелковица». Это прямое указание на род занятий или место жительства предка. Скорее всего, первый носитель прозвища Джоджуа либо жил в местности, где росло много шелковицы, либо занимался разведением тутового шелкопряда — традиционного для Кавказа промысла. В Абхазии шелководство было развито веками, и фамилии, образованные от названий деревьев или ремёсел, здесь не редкость.

Суффикс -уа в абхазском языке — патронимический, указывающий на принадлежность к роду. Поэтому Джоджуяу буквально означает «из рода тех, кто у тутового дерева» или «потомок Джоджуа». В русском языке фамилия закрепилась в форме на -у, что характерно для фамилий абхазского происхождения, записанных в советских паспортах (ср. Адлейба, Ардзинба, Цвижба).

Географически фамилия тяготеет к восточной Абхазии, особенно к Гудаутскому району, где исторически было развито садоводство и шелководство. В России носители Джоджуяу встречаются единично, в основном среди потомков абхазской диаспоры. Вне Кавказа фамилия практически неизвестна, и её написание часто вызывает вопросы — люди путают ударение (правильно: Джоджу́яу) и пытаются встроить её в славянские модели склонения, хотя по правилам она не склоняется.

Споров о происхождении фамилии нет: абхазский корень очевиден, и все версии сходятся на тутовом дереве. Единственная альтернатива — связь с личным именем Джоджуа (уменьшительное от имени Джодж, которое могло быть прозвищем), но такая гипотеза слабее, так как в абхазской антропонимии прозвища от названий растений встречаются чаще, чем от имён.