Фамилия Джубаба — один из тех случаев, когда внешняя экзотика скрывает довольно прозрачную, но неочевидную для русского уха основу. На первый взгляд она кажется сложной или даже составной, но на самом деле её ядро — это тюркское слово «джуба» (или «чуба»), означающее «чуба», «чуб», «хохол» или «прядь волос». В тюркских языках это слово могло также относиться к длинным волосам, которые не стригли, оставляя как знак или украшение.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -а, который в данном случае не столько патронимический (как -ов/-ев), сколько субстантивирующий: он превращает прозвище или прилагательное в фамилию. Встречается такая модель в фамилиях, заимствованных из тюркской среды: например, Кара, Чуба, Ага. То есть Джубаба — это скорее всего русифицированная форма тюркского прозвища, где к основе «джуба» добавили окончание, типичное для женского рода в русском языке, но в фамилиях закрепившееся без родовой привязки.

Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком с заметной прической — либо с длинным чубом, либо с кудрями, либо с хохлом, что и стало его уличным прозвищем. В среде донских, кубанских или терских казаков, где сильно тюркское влияние, такие прозвища были обычным делом. Не исключено, что фамилия могла быть образована от личного имени Джубаба (уменьшительная форма от какого-нибудь тюркского имени), но прозвищная версия выглядит убедительнее: слишком конкретным было значение «чуб» для того, чтобы стать фамилией.

Географически фамилия тяготеет к югу России, к регионам с исторически смешанным населением — Ставрополье, Краснодарский край, Ростовская область. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный характер. По сословному составу — скорее всего казачья или крестьянская, без дворянских корней. В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) прямого упоминания Джубаба нет, но её типологически родственники — Чуба, Чубенко, Чубаров — хорошо известны.

Ещё одна возможная, но менее вероятная версия: связь с арабским словом «джубаб» (пустота, пустырь) или с грузинским именем Джуба. Однако ни одна из них не подтверждается ни географией, ни типичными фамильными суффиксами для этих языков. Тюркская основа с русским окончанием — самое простое и логичное объяснение.