Фамилия Джубаева — женская форма от мужской фамилии Джубаев, а та, в свою очередь, восходит к личному имени или прозвищу. Основа здесь — тюркское слово «джуб» (или «чуб»), которое в разных диалектах может означать «карман», «мешочек», а в переносном смысле — «скупой», «прижимистый» человек. В ономастике встречается и другая версия: корень «джуба» — это вариант имени Джубай, которое распространено у карачаевцев, балкарцев и ногайцев. В таком случае имя могло быть производным от арабского «джубайр» — «утешитель», «тот, кто приносит облегчение».

Суффикс -ев указывает на русскую модель фамилизации, которая активно использовалась в XIX–XX веках при оформлении фамилий народов Северного Кавказа и Поволжья. То есть носитель фамилии Джубаев — это «сын (или потомок) Джубы» или «человек из рода Джубаевых». Встречается фамилия преимущественно у карачаевцев, балкарцев, кумыков, а также у осетин и чеченцев — в зонах давнего тюркского влияния.

Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в русскоязычной среде чаще говорят Джуба́ева, а в тюркоязычной — Джубаева́, с ударением на последний слог, что сохраняет ритмику исходного имени. Встречаются и варианты написания с буквой «ё» — Джюбаева, но это скорее ошибка паспортного стола, чем отдельная ветвь.

Если отбросить гипотезу о прозвище «скупец», то более правдоподобной выглядит версия с именем Джубай. Она подкрепляется тем, что в карачаево-балкарской антропонимике много фамилий, образованных от личных имён с суффиксом -ай (Кубай, Токай, Сокай), и Джубай вписывается в этот ряд. В любом случае, фамилия Джубаева — не случайный набор звуков, а маркер принадлежности к определённой родовой группе тюркского Кавказа.