Фамилия Джубуева — довольно редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует отойти от привычных славянских моделей. Основа фамилии — «Джуб» — явно указывает на тюркское или кавказское происхождение. Скорее всего, в основе лежит слово «джуба» или «джубай», которое в ряде тюркских языков означает «сума», «котомка» или «мешок». Прозвище Джуба могли дать человеку, который носил с собой большую сумку, торговал или был путешественником, либо же это было ироничное прозвище запасливого или нерасторопного человека.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или й. Фактически, Джубуева — это русифицированная форма отчества: «Чей? — Джубуев», то есть сын (или дочь) человека по прозвищу Джуба. Финальное -а указывает на женскую форму фамилии, мужской вариант — Джубуев.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русское население долго и плотно контактировало с тюркскими и кавказскими народами: это Северный Кавказ, Поволжье, Закавказье. Встречается она и среди осетин, и среди кумыков, и у казаков. В некоторых диалектах осетинского языка «дзубу» означает «горб» или «выступ», что тоже могло стать основой для прозвища горбатого или сутулого человека.

Интересная деталь: написание через «дж» — это обычно транслитерация звука, которого нет в русском языке. В старых документах фамилию могли записывать как «Джубуев» или «Джубов», а в устной речи — редуцировать до «Джуба». Встречаются и однокоренные фамилии: Джубаев, Джубанов, Джубалиев. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, указывающими на разные языковые традиции оформления.