Фамилия Джубалиев происходит от восточного мужского имени Джубали. Это имя составное, тюркского происхождения: первая часть «джуб» переводится как «преследуемый», а вторая — «али» — сокращенная форма имени Аллах, означающего «возвышенный». В сумме имя Джубали трактуется как «преследуемый Аллахом». Такая модель образования характерна для мусульманских имен, где к корню, описывающему состояние или действие, добавляют компонент со значением «Бог»: имя указывает на особые отношения человека с высшими силами, будь то покровительство или испытание.

Фамилия Джубалиев образована по распространенному в тюркских языках патронимическому суффиксу -ев, который указывает на принадлежность потомку человека по имени Джубали. Буквально фамилия означает «сын Джубали» или «из рода Джубали». Встречаются также варианты написания с суффиксом -ов (Джубалиов), но форма на -ев закрепилась в русской традиции из-за мягкого конечного согласного основы.

Географически фамилия Джубалиев чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа, особенно у чеченцев и ингушей, а также у тюркоязычных групп Дагестана. В этих регионах имя Джубали, хоть и не самое массовое, сохранилось как родовое, и фамилия указывает на принадлежность к конкретному тейпу или роду. За пределами Кавказа носители фамилии встречаются редко, что подтверждает её локальное происхождение.

Интересная деталь: в некоторых диалектах тюркских языков слово «джуб» может иметь иное значение — «карман» или «мешочек». Однако в контексте личного имени более правдоподобна версия с «преследуемый», так как имена, описывающие жизненные обстоятельства или религиозные переживания, типичны для исламской ономастики. Если бы основой было слово «карман», имя скорее носило бы прозвищный характер и вряд ли закрепилось бы в форме с сакральным компонентом «али».