Фамилия Джубакидзе — грузинская, и это понятно сразу по финальному -дзе. Этот суффикс в грузинских фамилиях означает «сын» и является самым распространённым, особенно в западной Грузии (Имеретия, Гурия, Мегрелия). Если бы носитель происходил из восточной Грузии, фамилия, скорее всего, оканчивалась бы на -швили. Так что Джубакидзе — это «сын Джубаки», где Джубаки — личное или, что вероятнее, прозвищное имя.

Корень «джуба» в грузинском языке может указывать на несколько значений. Самое прямое — «кузнечик», «саранча». В переносном смысле так могли прозвать человека — невысокого, подвижного, суетливого или, наоборот, обладающего громким голосом. Вторая версия, менее очевидная, но вполне правдоподобная: «джуба» — это вид кожаного мешка или сумки, который использовали в хозяйстве. Прозвище Джуба мог получить кожевник, торговец или человек, носивший с собой такую сумку. Имя Джубаки, от которого образована фамилия, — это уменьшительная форма с суффиксом -ак, то есть «маленький Джуба» или «сын Джубы».

Грузинские фамилии на -дзе, как правило, не указывают на конкретное ремесло или сословие, а просто фиксируют родство. Поэтому предок Джубакидзе был не обязательно кузнечиком или сумкой, а просто человеком, которого в округе знали под этим прозвищем. Фамилия эта довольно редкая за пределами Грузии, и её носители, скорее всего, ведут род из одного конкретного села или городка в западной части страны. Встречается она и в Абхазии, что исторически объяснимо миграциями населения в XIX–XX веках.