Фамилия Джунайдуллаева — одна из тех, что образована от полного арабского имени с религиозным смыслом. Её основа — мужское имя Джунайдулла, которое состоит из двух частей: «Джунайд» (араб. «воин» или «маленькое войско») и «Алла» (Бог). Вместе имя означает «воин Аллаха» или «служащий Богу». Такие имена, включающие слово «Алла», типичны для мусульманских народов: они подчёркивают веру и благочестие, а не указывают на профессию или место.

Фамилия построена по тюркской модели: к имени Джунайдулла добавили суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов), а затем женский суффикс -а, указывающий на то, что носительница — женщина. В исходной мужской форме фамилия звучала бы как Джунайдуллаев. Такое образование характерно для народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии, где русские патронимические суффиксы наложились на местные имена.

Географически фамилия встречается прежде всего у дагестанских народов — особенно у лезгин, аварцев и даргинцев, а также у чеченцев и ингушей. Встречается она и у татар, но реже. Это объясняется тем, что имя Джунайд (и его производные) распространено в суфийской традиции, которая сильна на Северном Кавказе и в Закавказье.

С точки зрения социальной истории, предки носителей фамилии вряд ли принадлежали к знати или духовенству. Фамилии на -ов/-ев в этом регионе часто получали крестьяне и горцы, которым в XIX — начале XX века приписывали русские окончания при переписях или воинском учёте. Само имя Джунайдулла было личным, а не родовым прозвищем, — фамилию дали по отцу или деду, который его носил.

Интересная деталь: в арабском корне «дж-н-д» (войско) есть оттенок организованной силы, а не одиночного бойца. Поэтому Джунайдуллаев можно понять не просто как «воин Бога», а как «тот, кто в войске Бога» — то есть человек, посвятивший себя общине верующих. Это необычный нюанс, который редко встречается в разборах подобных фамилий.