Фамилия Джунова — женская форма фамилии Джунов, и ее происхождение связано с тюркскими или кавказскими корнями. Основа «джун» восходит к тюркскому слову «джун» (война, битва) или к персидскому «джан» (душа, жизнь) с характерным для многих языков переходом «а» в «у» под влиянием диалектов. Вторая версия, более прозаичная, связывает фамилию с именем Джуна — краткой формой от Юнус (арабский вариант библейского Ионы) или от грузинского имени Джуна (юный, молодой). Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: буквально «из рода Джуна».

Географически фамилия встречается среди народов Северного Кавказа, особенно у осетин и ингушей, а также у татар и башкир. В русском контексте она могла появиться при крещении инородцев или через браки, когда фамилия мужа передавалась жене. Мужская форма Джунов фиксируется в документах XIX века среди казаков и горских народов, что говорит о возможной связи с военной службой или прозвищем «воин» (от «джун»).

Редкость фамилии — в её неоднозначной этимологии. Если корень «джун» означал «битва», то предок мог быть воином или стражем. Если же это вариант «джан» (душа), то прозвище давали человеку душевному или любимому. В любом случае, фамилия не славянская, а заимствованная, что делает её интересным объектом для тех, кто ищет связь с восточными культурами.