Фамилия Джунько — одна из тех, где за короткой основой скрывается сразу несколько возможных путей происхождения. Разные языки, разные эпохи, а на выходе — одна фамилия, которую и сегодня можно встретить в русскоязычной среде.

В центре внимания — прозвище или имя Джунь. Самая вероятная версия связывает его с монгольским «джун» (дзун), то есть «левый». В тюркской и монгольской среде левая сторона издавна имела не только пространственное, но и социальное значение: левшой называли не только человека, владеющего левой рукой лучше правой, но и того, кто жил по левую руку от дороги, реки или поселения. Так прозвище Джунь могло закрепиться за конкретным человеком, а затем перейти в фамилию.

Есть и восточные версии. Арабское «джун» означает «залив», а имя Джуна (Junah) переводится как «солнце». Вполне возможно, что основа фамилии восходит к одному из этих значений — через личное имя, которое давали ребёнку с пожеланием силы, света или благополучия. Китайский след тоже имеет право на существование: иероглиф «цзюнь» (в русской передаче «джунь») означает «государь», «владыка». В таком случае имя Джунь несли как знак высокого предназначения.

Фамилия образована по распространённой украинской модели с суффиксом -ко. В украинской ономастике суффикс -ко часто указывал на принадлежность: Джунько — буквально «сын Джуна» или «потомок Джуня». Такая модель была типична для казацкой среды и крестьянских родов Поднепровья, где фамилии на -ко встречаются особенно часто. Со временем прозвище или имя, стоявшее в основе, полностью вытеснило родовое имя и закрепилось в документах как наследственная фамилия.

Таким образом, фамилия Джунько может хранить память о левше, о жителе левого берега, о человеке, носившем арабское имя со значением «залив» или «солнце», или даже о ребёнке, которому родители желали княжеской судьбы. Какая из версий верна для конкретной семьи — зависит от региона, диалекта и семейных преданий, но все они укладываются в логику восточноевропейских фамилий, вобравших в себя следы разных культур.