Фамилия Джунусходжаев — редкий пример того, как в одной словообразовательной конструкции соединились арабское имя и тюркский титул. Она сложена из двух частей: «Джунус» и «ходжа». Первая основа — это среднеазиатская и кавказская форма имени Юнус, которое восходит к библейско-кораническому пророку Ионе (араб. يونس — Юнус). Вторая часть — «ходжа» — в исламском мире обозначала духовное лицо, наставника, уважаемого человека, а также купца (от персидского خواجه — «господин», «хозяин»). Таким образом, исходное имя Джунусходжа означает «господин Юнус» или «уважаемый, как пророк Юнус».

Фамилию образовали по русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В русской канцелярской традиции XIX–XX веков фамилии выходцев из Средней Азии часто оформляли именно так: брали имя отца (в данном случае Джунусходжа) и добавляли -ев, получая буквальное значение «сын Джунусходжи».

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и югу Казахстана — регионам, где распространены составные имена с компонентом «ходжа». Встречаются варианты написания: Джунусходжаев, Джунус-Ходжаев, а также Джанусходжаев (с заменой гласной под влиянием диалектного произношения). В России фамилия редкая и локализована в основном в среде выходцев из Ферганской долины.

С точки зрения социального контекста, носители этой фамилии, скорее всего, происходят из потомков духовных лиц или зажиточных торговцев. Компонент «ходжа» в имени предка указывал на принадлежность к привилегированной прослойке, а не на крестьянское или ремесленное сословие. Однако с течением времени фамилия утратила сословную окраску и стала просто родовым именем.