Фамилия Джунусова образована от мужского имени Джунус — фонетического варианта арабского имени Юнус (в русской традиции — Иона). В переводе с арабского оно означает «голубь», а в исламской традиции имя Юнус носил один из пророков. Таким образом, фамилия напрямую указывает на предка по мужской линии, которого звали Джунус, и отвечает на вопрос «чей потомок?».

Типичная модель для русских фамилий тюркского и мусульманского происхождения: к основе имени добавляется суффикс -ов/-ев, реже -ин. В данном случае — Джунус + -ов. Женская форма Джунусова образована по тому же правилу: она означает «дочь или жена Джунуса». Аналогично строятся фамилии Юнусов, Юнусова, а также Джунусов (без окончания -а). Разница в написании (Джунусов или Юнусов) связана с особенностями местного произношения и записи в документах: в тюркских языках начальный звук часто передаётся как «дж», что и закрепилось в фамилии.

Фамилия распространена в Средней Азии, особенно в Казахстане и Киргизии, а также среди народов Северного Кавказа, где имя Джунус встречается часто. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда начался массовый учёт населения окраин империи. Носительницы фамилии Джунусова могут происходить из семей, где предок был уважаемым человеком — имя в честь пророка давали не случайно.

Словообразовательная цепочка проста и прозрачна: имя → фамилия. Никаких дополнительных суффиксов или наложений, что делает этимологию фамилии одной из самых ясных среди фамилий арабского корня.