Фамилия Джунисова — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти сразу, но при этом она прочно вписалась в русскую фамильную модель. Основа фамилии — мужское имя Джунис, которое чаще всего встречается у тюркских народов, особенно у казахов, башкир и татар. Это адаптация арабского имени Юнус (библейский Иона), причём в тюркской среде начальное «Й» часто переходит в «Дж», отсюда и форма Джунис. Значит имя «голубь» или, в переносном смысле, «чистый, благословенный» — по сюжету пророка, спасённого китом.

В русском языке фамилия образовалась по стандартной модели: к основе Джунис добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Джунисова — дочь или жена человека по имени Джунис. Это типичный способ русификации тюркских имён в XIX–XX веках, когда при переписях или паспортизации нерусскому населению давали фамилии по отцу с русским окончанием. Мужской вариант — Джунисов.

Носительницы фамилии Джунисова, скорее всего, происходят из регионов, где компактно живут тюркские народы: Поволжье (Татарстан, Башкортостан), Казахстан или Оренбуржье. Интересно, что фамилия встречается и у славянского населения юга России — это могло возникнуть при смешанных браках или когда предка записали по имени-прозвищу, которое дали за сходство с местным жителем. Редкость суффикса «-исов» (вместо привычного «-усов») выделяет её из ряда однокоренных фамилий вроде Юнусова или Юношева, и это дополнительный маркер, что корень именно тюркский, а не славянский.