Фамилия Джунисов — один из тех случаев, когда русская фамильная модель на -ов накладывается на нерусскую основу, и расшифровка почти целиком уходит в историю межэтнических контактов. Корень здесь — имя Джунис или Джунус, которое является тюркской (и шире — мусульманской) формой библейско-коранического имени Юнус (Иона). В тюркских языках начальное «й» часто переходит в «дж» или «ж», отсюда Джунус, Джунис, Жунус. Это имя было широко распространено у татар, башкир, казахов, народов Кавказа, поэтому фамилия Джунисов — типично русская по оформлению, но происходит из среды, где имя отца записывали по-тюркски.

Суффикс -ов указывает на модель «чей?» — то есть «сын Джуниса». В России такая фамилия могла закрепиться в XIX–XX веках, когда представители тюркских народов получали паспорта и фамилии по отчеству или имени деда. Географически Джунисовы чаще всего встречаются в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области, а также среди казахского населения приграничных регионов. Встречаются и варианты написания: Джунусов, Жунисов, Джунисов — разница в диалектном произношении или в том, как писарь услышал имя.

Любопытная деталь: если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Юнусов — более «книжная» форма, распространённая у народов, где арабская письменность была сильнее, а Джунисов — отражает живую устную традицию, где звук «й» смягчается до «дж». Предки носителя фамилии, скорее всего, были мусульманами, а само имя Джунис не несло дополнительного прозвищного смысла — это прямое отчество от имени деда или отца. Никакого ремесла или социального статуса в основе не заложено, только именная традиция.

О сословном происхождении носителей Джунисовых данных в общих источниках почти нет — фамилия не из дворянских, не из купеческих, а из крестьянской или мещанской среды, где имя отца становилось фамилией без дополнительных прибавок. В современных ономастических справочниках её нередко относят к «тюрко-татарским фамилиям в русском оформлении», что полностью объясняет и её форму, и её корень.