Фамилия Джупанас — это, скорее всего, прибалтийский вариант славянской фамилии Жупан. В основе лежит прозвище Жупан, которое давали по роду занятий: так могли назвать портного, шившего верхнюю одежду. Дело в том, что «жупаном» у поляков, украинцев и других славян называли полукафтан из серого или голубого сукна — отложной воротник, застёжка на пуговицах, обязательная деталь гардероба.

Когда фамилия перекочевала в Литву или Латвию, её записали на местный лад. Славянский суффикс -ов или -ин отпал, а окончание оформилось как -ас (типичное для литовских фамилий мужского рода). Так Жупанов или Жупан превратились в Джупанаса — с характерным для прибалтийской передачи начальным «Дж» вместо «Ж». Встречаются и варианты написания вроде Županas или Džupanas.

По сути, перед нами пример того, как ремесленное прозвище «человек, который шьёт жупаны» обрастало географическими и языковыми особенностями. Никакой другой этимологии у фамилии нет — значение прозрачное, а альтернативные версии (например, от тюркского «джупан» в значении «пастух») не подкреплены ни историей бытования фамилии, ни её словообразовательной моделью.