Фамилия Джупин — редкая и с трудом поддающаяся однозначной этимологии. Её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или диалектным словом, но географический и языковой контекст заставляет рассматривать две основные версии.

Первая и наиболее вероятная версия отсылает к южнорусским или украинским говорам. В них слово «джупа» или «джупка» могло означать короткую верхнюю одежду, род куртки или кафтана. В таком случае прозвище Джупа получил либо портной, шивший такую одежду, либо человек, который её постоянно носил. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Джупин, то есть сын или потомок Джупы. Эта модель характерна для фамилий, возникших от прозвищ на -а/-я.

Вторая версия — тюркская. Корень «джуп» (или «чуп») в тюркских языках может означать «пара», «чёт», а также «двойник» или «ровня». Прозвище Джупа могло закрепиться за человеком, у которого был брат-близнец, или за тем, кто всегда ходил с напарником. Однако суффикс -ин не типичен для тюркской ономастики, а скорее указывает на то, что фамилия русифицировалась уже на славянской почве. Фамилия могла возникнуть в зонах активного русско-тюркского контакта — на Кубани, в Поволжье или на Урале.

Встречаемость фамилии Джупин крайне низкая. Она не фиксируется в классических справочниках русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова), что подтверждает её локальный или недавний характер. Основной ареал, судя по открытым данным, — Украина и юг России, что склоняет чашу весов в пользу версии с одеждой. В любом случае, фамилия Джупин — это пример того, как простое бытовое прозвище, связанное либо с ремеслом, либо с внешним признаком, стало редким родовым именем.