Фамилия Джупина — женская форма, а её мужской вариант — Джупин. В глаза сразу бросается нетипичное для русских фамилий начало на «дж». Это почти всегда указывает на иноязычную основу, и в данном случае корни, скорее всего, ведут на Кавказ или в тюркоязычную среду. В исконно русских фамилиях сочетание «дж» встречается крайне редко и обычно является результатом заимствования.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса -ин, который отвечает на вопрос «чей?». То есть Джупин — это «сын Джупы» или «человек из рода Джупы». Само прозвище или имя Джупа могло иметь несколько значений. Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского слова «джуп» (пара, чета, ровня). В этом случае прозвище Джупа могли дать человеку, который имел пару, близнеца, или тому, кто всегда ходил с напарником. Также в некоторых тюркских языках «джуп» означает «ровный», «гладкий» — такое прозвище могло относиться к характеру или внешности.

Регионально фамилия тяготеет к югу России, особенно к Ставропольскому и Краснодарскому краям, а также к Ростовской области. Там исторически сильны тюркские и кавказские влияния, и фамилии с подобной структурой не редкость. Встречается также у ногайцев и кумыков, у которых фамилии на -ин(а) — обычное явление, перенятое через русское делопроизводство.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с украинским или южнорусским диалектным словом «джуп» (вид одежды, безрукавка). Тогда Джупой могли прозвать портного или человека, носившего такую одежду. Однако эта версия слабее, так как прозвища от названий предметов одежды обычно давались по характерной детали, а не по абстрактному наименованию.

Таким образом, фамилия Джупина — скорее всего, потомок человека с тюркским прозвищем, которое прижилось в русской среде и оформилось по стандартной модели. Носитель этой фамилии может искать свои корни в смешанных русско-тюркских или кавказских семьях, живших на южных рубежах России.