Фамилия Джужуев — редкая и с неочевидной этимологией. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или имени, образованному от тюркского корня «джужук» или «чучук» — уменьшительно-ласкательной формы слова, означающего «цыплёнок» или «птенец» в ряде тюркских языков (например, в кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском). Такое прозвище могли дать невысокому, юркому человеку или младшему ребёнку в семье — по аналогии с русским «Птенец» или «Цыпа».

Модель образования фамилии — типичная для русского освоения тюркских основ: к корню «Джужу-» добавили русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Джужуя). Ударение, вероятно, падает на последний слог — Джужу́ев, хотя в устной речи встречаются варианты. Суффикс -ев, а не -ов, подсказывает, что исходное прозвище заканчивалось на мягкий согласный или гласный (Джужуй, Джужук).

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью — регионам, где веками жили тюркоязычные народы. Встречается она и у осетин, и у кумыков, и у русских, но у каждой группы — своя история перехода прозвища в наследственную фамилию. Для кумыкской среды, например, «джужук» — это ещё и ласковое обращение к мальчику, почти домашнее имя, которое позже закрепилось как фамильное.

Спорных версий здесь мало: корень «джужу» не даёт очевидных параллелей с арабскими или персидскими словами, а попытки связать фамилию с грузинским «джу» (сердце) или осетинским «дзу» (огонь) выглядят натянутыми — нет ни суффиксальной, ни исторической поддержки. Наиболее правдоподобное объяснение остаётся бытовым: предок носителя фамилии получил прозвище за сходство с птенцом — по размеру, характеру или положению в семье.