Фамилия Эбекуева — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Носительницы этой фамилии встречаются почти исключительно на Северном Кавказе, в первую очередь в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это сразу подсказывает, что перед нами не славянская и не тюркская фамилия в привычном понимании, а адыгская (черкесская) или, реже, карачаево-балкарская.

Основа фамилии — «Эбек» или «Эбеку». В адыгском языке это имя или прозвище. Адыгские фамилии часто строятся по модели «личное имя + суффикс принадлежности». Суффикс «-уа» (или «-ева» в русской записи) — типичный для черкесских фамилий, он указывает на принадлежность к роду: «Эбекуа» буквально значит «[из рода] Эбека». Русское окончание «-а» (Эбекуева) — результат адаптации к русской грамматике, когда фамилию склоняют по женскому роду.

Что могло означать само имя Эбек? Здесь возможны два варианта, и оба правдоподобны. Первый: от адыгского «эбэкъу» — «широкоплечий», «плечистый». Прозвище по физической черте — распространённая практика. Второй: от арабского имени «Абек» или «Эбек», которое в свою очередь может восходить к «Абу Бакр» (имя первого халифа), но в горной среде оно сильно изменилось. Однако адыгская версия с «широкими плечами» выглядит органичнее — она объясняет внутреннюю форму слова без привлечения исламской ономастики, которая в регионе тоже сильна, но даёт другие модели.

Интересно, что фамилия Эбекуева стоит в ряду однокоренных, но с разными суффиксами: Эбеков, Эбеккуев. Разница в написании — следствие того, как русские чиновники XIX века на слух записывали адыгские фамилии при составлении ревизских сказок. В одном ауле могли написать «Эбеков», в соседнем — «Эбекуев». Сегодня форма с «-уева» — самая редкая и локальная, она устойчиво держится в долине реки Баксан и в окрестностях Нальчика.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходят из сословия свободных общинников (тфокотли), а не князей или дворян. В адыгском обществе княжеские фамилии (пши) имеют другую структуру — часто с окончанием «-уко» или «-ипш». Эбекуева — фамилия «простого» рода, что не умаляет её древности: такие роды составляли основу черкесского общества.