Фамилия Еберзина — женская форма фамилии Еберзин, которая относится к редкому и неочевидному типу русских фамилий. Её основа — Еберза — звучит не по-русски, и это главная загадка. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или семинарского происхождения, каких много давали в духовных училищах в XVIII–XIX веках. Семинаристам нередко присваивали фамилии, образованные от латинских, греческих или даже древнееврейских слов, иногда с ироническим или назидательным смыслом. Корень «ебер» может восходить к латинскому «eber» или «heber» — «кабан», «вепрь». В таком случае Еберза — это прозвище-символ, данное человеку с грубой или упрямой натурой, а фамилия стала его отражением. Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Eber (кабан) или тюркскими корнями, где «ебер» могло означать «щедрый» или «обильный», но это уже спекуляция без твёрдой опоры.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Еберзин — «сын Еберзы» или «человек из рода Еберзы». В русской ономастике такие фамилии типичны для прозвищ и нецерковных имён, что делает версию семинарского происхождения наиболее правдоподобной: духовное сословие часто брало за основу не славянские, а книжные, «учёные» слова. Фамилия могла закрепиться за одним родом в конкретной губернии, но массового распространения не получила — она осталась редкой, почти единичной. Встретить её можно в центральных областях России, где были духовные училища, но точных данных о географии и сословном составе носителей нет. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не крестьянская и не дворянская по происхождению — она книжная, придуманная, а не уличная.