Фамилия Ебонатов — один из тех редких случаев, когда интуитивное восприятие может ввести в заблуждение. Вопреки возможным ассоциациям с современным просторечием, корень здесь совершенно иной, и связан он с церковнославянской традицией и географическими названиями.

Основа фамилии — слово «ебонат». Это устаревшая, книжная форма прилагательного, образованного от «Ебон» — так в русской богослужебной литературе называли эфиопа, жителя Эфиопии. В старину слово «ефиоп» или «ебона» писалось через «ять» и звучало иначе, чем сегодня. Таким образом, прозвище Ебонат мог получить человек с очень смуглой кожей или темными волосами, либо тот, кто побывал в дальних южных странах, например, в составе посольства или торговой экспедиции.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную модель русских фамилий, закрепившуюся в XVI–XVII веках. Ебонатов — буквально «сын Ебоната», то есть потомок человека, которого прозвали за внешность или странствия. Модель образования идентична фамилиям типа Греков, Немцов, Татаринов — все они указывали на этническую или географическую характеристику предка.

В пользу именно такой версии говорит и то, что фамилия встречается в центральных и южных губерниях России, где были сильны старообрядческие общины. Старообрядцы часто сохраняли архаичные формы слов, включая «ебонат». Никакой связи с современным обсценным корнем здесь нет — это случайное совпадение звучания, которое возникло лишь в последние десятилетия из-за смещения ударения и изменения норм произношения.

В дореволюционных справочниках эта фамилия не числится среди дворянских или купеческих родов. Скорее всего, Ебонатовы — это крестьяне или мещане, получившие фамилию по прозвищу предка. Встречаются единичные упоминания в метрических книгах Воронежской и Тамбовской губерний конца XIX века.