Фамилия Эфэндийев — один из тех случаев, когда написание подсказывает произношение, а не наоборот. В основе лежит тюркское слово «эфенди» (efendi), которое в османской культуре означало «господин», «владыка», «хозяин», а также — почтительное обращение к образованному или уважаемому человеку, в том числе к духовному лицу. Само слово пришло из среднегреческого (αὐθέντης — «повелитель, господин»), что указывает на долгую историю заимствований в регионе.

Модель образования фамилии — притяжательный суффикс -ев, который в русской и тюрко-русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — сын Эфенди, потомок Эфенди. Обычно такие фамилии встречаются у народов, долгое время живших в зоне влияния османской культуры и Российской империи: у азербайджанцев, кумыков, крымских татар, отчасти у балкарцев и карачаевцев. Написание через букву «э» в начале и с двойным «и» в середине — не ошибка, а отражение местного произношения: в тюркских языках гласный первого слога произносится открыто, почти как «эфэнди». В официальных документах XIX — начала XX века, когда фамилии фиксировали писари, такое написание могли закрепить по слуху.

Сословно носители фамилии в большинстве своём не относились к аристократии. «Эфенди» в Османской империи и на Кавказе было скорее обращением к грамотному горожанину, учителю, мулле или чиновнику низшего ранга, чем титулом знати. Поэтому предок человека с фамилией Эфэндийев, скорее всего, был не крупным землевладельцем, а человеком уважаемого, но «служивого» статуса — писарем, сельским муллой, торговцем или учителем в медресе. Фамилия закрепила за его потомками память об этом уважении.

Встречаются варианты написания: Эфендиев, Эфендиевъ (дореволюционное), реже Афендиев. Форма Эфэндийев — самая редкая и фонетически точная, она ясно указывает на регион бытования (скорее всего, Южный Дагестан или Азербайджан) и на то, что фамилия записывалась с носителя языка, а не по шаблону русской канцелярии.