Фамилия Эглиенс — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не славянское, а прибалтийское, скорее всего латышское. В латышском языке существует фамилия Eglītis (Эглитис) или Egle (Эгле), образованная от слова egle — «ель». Форма Эглиенс могла возникнуть при русификации или записи в документах: латышский суффикс -ītis, указывающий на уменьшительность или принадлежность, в русской передаче мог превратиться в -енс, -инс или -енц. В пользу этой версии говорит и характерное окончание -енс, типичное для фамилий латышского и латгальского происхождения, попавших в русскую среду (сравните: Бриедис — Бриденс, Калныньш — Калнынс).

Если фамилия действительно восходит к латышскому «еловому» корню, то предок носителя Эглиенс мог получить прозвище по месту жительства — у еловой рощи, либо по внешнему сходству с елью (высокий, стройный, с игольчатой бородой). В латышской антропонимике фамилии от названий деревьев распространены: Egle (ель), Ozols (дуб), Bērzs (берёза). Эглиенс, таким образом, стоит в одном ряду с этими природными прозвищами, но в более редкой суффиксальной форме.

Вторая, менее вероятная версия — немецкое происхождение. В немецком языке есть фамилия Eglins или Eglin, которая могла быть занесена в Прибалтику через остзейских немцев. Однако окончание -енс для немецких фамилий нетипично, а для латышских — напротив. Поэтому основную гипотезу стоит считать наиболее надёжной.

Сословно носители фамилии Эглиенс в Российской империи, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам латышских губерний (Курляндской, Лифляндской, Витебской). Дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» не зафиксировано. В современной России фамилия встречается редко, в основном в регионах, куда переселялись латыши в XIX — начале XX века (Сибирь, Северо-Запад).