Фамилия Эглисова — женская форма мужской фамилии Эглисов. В основе, скорее всего, лежит фамилия Эглит, распространённая у латышей и литовцев. Корень — «эглс», что на латышском означает «ель», «пихта», «сосна». Суффикс «-ов» в русском варианте указывает на принадлежность: буквально «из рода Эглиса», то есть потомок человека по прозвищу или фамилии Эглис. Сама же фамилия Эглис образована от латышского слова «egle» (ель) с помощью уменьшительного или индивидуализирующего суффикса «-is».

Фамилия Эглисова — явный пример балтийского влияния на русский ономастикон. В XIX — начале XX века в западных губерниях Российской империи (Курляндской, Лифляндской, Витебской) активно шёл процесс русификации латышских и литовских фамилий. Носители фамилии Эглит или Эглис, переселяясь в центральные русские губернии или переходя в православие, получали привычную для русского уха форму с суффиксом «-ов». Таким образом, предок Эглисовых мог быть крестьянином, ремесленником или мещанином из Прибалтики, чьё прозвище или родовое имя было связано с елью — либо по месту жительства (у елового леса), либо по внешним признакам (высокий, стройный, как ель).

Встречается также вариант Эглисов с ударением на первый слог. В этом случае нельзя полностью исключать редкую версию происхождения от греческого имени Эглий (Эглис), которое носил один из раннехристианских мучеников. Однако для русских фамилий такая основа нетипична, и балтийская версия остаётся основной. Географически фамилия Эглисова и её мужской вариант Эглисов фиксируются в основном на северо-западе России и в Сибири, куда переселенцы из Прибалтики отправлялись в ходе столыпинской реформы.

Словообразовательная модель проста: основа «Эглис» + русский патронимический суффикс «-ов» (в женской форме «-ова»). В отличие от фамилий на «-ин» (типа «Ельцин»), здесь нет указания на прямое отчество от имени или прозвища на «-а/-я». Это типичная «вторичная» русификация, когда иноязычную фамилию адаптировали под русскую грамматику, добавив окончание принадлежности.