Фамилия Ехуновых — редкий пример, когда одно и то же слово могло возникнуть в совершенно разных культурных средах, и обе версии имеют под собой почву. Первая и самая распространённая гипотеза связывает её с тюркским миром: Ехунов — вариант фамилии Ахунов, а та, в свою очередь, происходит от личного имени Ахун. В тюркских языках «ахун» означает «господин», «владыка» или «наставник». Родители, называя сына Ахуном, вкладывали в имя пожелание уважения, авторитета и высокого положения в обществе. Не исключено, что так могли именовать детей в семьях, принадлежавших к привилегированным слоям — например, у духовных лиц или местной знати. Фонетический переход «А» в «Е» (Ахунов → Ехунов) объясняется особенностями произношения в русских говорах: «аканье» или «еканье» при записи фамилии в документах могли закрепить именно такую форму.

Вторая версия уводит нас на Кавказ. Здесь основой мог послужить корень «эхь» (стыд, совесть). В таком случае Ехун — это прозвище, которое давали человеку стыдливому, скромному, с обострённым чувством чести. Прозвища на Кавказе нередко становились фамилиями, особенно если они точно описывали характер или поведение родоначальника. Обе гипотезы не противоречат друг другу: фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах, а затем смешаться в общем массиве русских фамилий.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Ехунов), то есть «сын или потомок Ехуна». Сама основа — Ехун — могла быть как полным именем, так и усечённой формой более длинного тюркского имени. Окончательно установить, какая из версий верна для конкретной ветви рода, можно только через генеалогические изыскания: изучение географии расселения, архивных записей и сословной принадлежности предков. Например, если корни ведут в Поволжье или Приуралье, вероятнее тюркская версия; если в регионы Кавказа — вторая.