Фамилия Едунова — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, а глагол со значением действия. Её мужской вариант — Едунов — образован от «едун»: так в русских говорах называли любителя поесть, обжору. Суффикс -ун в русском языке активно создаёт прозвища по характерному действию или склонности: бегун, ворчун, крикун. Едун — тот, кто «ест» часто или много. Фамилию могли дать человеку с отменным аппетитом, а иногда и в шутку — за пристрастие к вкусной еде.

Модель образования простая: основа «едун» + патронимический суффикс -ов, который в женском роде даёт окончание -а. То есть Едунова — буквально «дочь (или жена) Едунова». По русской традиции фамилия закрепилась за женщинами в такой форме, а мужчины носят Едунов.

Географически фамилия встречается редко, её очаги — в центральных и северных областях России, где сохранялись диалектные слова. В некоторых регионах «едун» могло быть ироничным прозвищем для того, кто не прочь поесть в гостях, или для хлебосольного хозяина. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта модель описана как характерная для прозвищ от глаголов, но сама фамилия Едунов не относится к массовым.

Однофамильцы Едуновы не были дворянами — фамилия крестьянская или мещанская. В документах XIX века её носители встречаются в основном среди государственных крестьян. Спорных версий происхождения нет: глагольная основа очевидна, и связь с едой — единственное правдоподобное объяснение.