Фамилия Экизян — армянская, и чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на русскую модель (с суффиксами -ов/-ин), а на армянский патронимический формант -ян (или -янц). Этот суффикс означает «потомок», «из рода» и соответствует русскому окончанию -ов/-ев. Таким образом, Экизян — это «потомок Экиза».

Ключ к разгадке — основа «Экиз». В армянском языке слово «экиз» (или «егиз») означает «близнец». Значит, прозвище Экиз мог получить человек, родившийся двойней, или же тот, кто был необычайно похож на кого-то из родственников. В ономастике прозвища, связанные с обстоятельствами рождения (близнец, первенец, седьмой сын), — один из древнейших пластов фамилий. Армянский суффикс -ян, как правило, указывает на то, что родоначальник жил не позднее XVII–XVIII веков, когда процесс формирования фамилий в Армении стал массовым.

Географически фамилия Экизян чаще всего встречается среди армян, исторически связанных с Западной Арменией (территория современной восточной Турции). Там, в частности, есть топоним Экиз (село или местность), от которого также могли образовать фамилию — по месту жительства. Однако версия с прозвищем «Близнец» выглядит более распространённой и типичной для армянских фамилий, образованных от личных качеств или особенностей. Социально носители фамилии не принадлежали к какому-то одному сословию: прозвище могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и торговцу.

На письме фамилия может встречаться в вариантах Экизян, Екизян или Эгизян — это связано с диалектным произношением и разной передачей звука «г»/«к» на русский язык. Но все они восходят к одному корню — «близнец».