Фамилия Эков — редкая и неочевидная. На первый взгляд она звучит как прилагательное в краткой форме («эк» — «экий», то есть «какой»), но на самом деле перед нами типичная отчество на -ов, образованное от прозвища или имени Эко.

Самая вероятная версия: основа «Эк» — это сокращённая форма крестильного имени Екклесиаст или Экзакустодиан. Такие имена встречались в святцах, но были крайне редки. В народе их укорачивали до удобного «Эка» или «Эко», а затем по модели «чей сын?» — «Эков» закрепилось как фамилия. Прямых аналогов много: от редких церковных имён образовывались фамилии вроде Агапов (от Агап), Зиновьев (от Зиновий) — Эков идёт по тому же пути.

Вторая, менее популярная, но лингвистически интересная версия — связь с диалектным словом «экий» в значении «такой, этакий». В северных говорах «эко» могло быть восклицанием («Эко диво!»), и человека, который часто его употреблял, могли прозвать Эком. Прозвища по любимым словам — известное явление: отсюда же фамилии Баюшкин, Айдаров, Ну-ка. Однако для фамилии Эков эта версия слабее: прозвищная основа обычно даёт фамилии на -их/-ых (Эких), а не на -ов.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Эко в Новгородской и Псковской землях. Там же фиксируются первые носители фамилии Эковы — в основном крестьяне и посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не известно, что подтверждает её простонародное происхождение.

Фамилия Эков — яркий пример того, как редкое церковное имя или местное словечко превратилось в устойчивое родовое имя. Она не имеет отношения к слову «экология» или «эко» (приставка «эко-» вошла в русский язык только в XX веке), так что все современные ассоциации — случайное совпадение.