Фамилия Элатонцев — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию не через суффикс -ский, а через более простую патронимическую модель. Основа здесь — Элатон. Это искажённое или диалектное произношение города Елатьма (ныне посёлок в Рязанской области, исторически — Касимовский уезд). В старых документах и в народной речи форма «Елатон» встречалась наравне с «Елатьма»: так, в «Списках населённых мест Российской империи» за 1862 год указан «Елатон (Елатьма)». Жителя Елатьмы называли елатонцем, отсюда и фамилия.

Суффикс -цев указывает на принадлежность: Элатонцев — «сын елатонца», то есть выходца из Елатьмы. Модель образования (топоним + -ец + -ов/-ев) в XIX веке была продуктивной, но для малых городов встречалась реже, чем для крупных. Интересно, что в самой Елатьме фамилия почти не фиксируется — носители, скорее всего, потомки тех, кто уехал из города в другие губернии, например в Тамбовскую или Нижегородскую.

Первичное написание через «Э» (а не «Е») — результат адаптации фамилии в письменных источниках после революции, когда в документах могли записывать на слух. В дореволюционных метрических книгах вероятнее встретить «Елатонцев». Разница в первой букве не меняет смысла: и в том, и в другом случае корень один — Елатьма.

О фамилии нет сведений в дворянских родословных книгах — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия. Предки Элатонцевых, вероятно, были ремесленниками, торговцами или отходниками, которые покинули родной город в поисках работы. В переписях XIX века такая фамилия могла появляться спорадически: семья переезжала, и прозвище «елатонец» закреплялось за ней уже на новом месте.