Фамилия Елискина — редкий случай, когда женская форма встречается чаще мужской, и это не случайность. В основе фамилии лежит нестандартная словообразовательная модель: суффикс -ск- указывает на географическое или дворянское происхождение, но в сочетании с окончанием -ин (а не -ий) получается гибридная форма. Чаще всего такие фамилии образовывали от названий сел или рек — например, Елискино (такой топоним существует в Нижегородской области). Если предок был выходцем из Елискина, его могли записать как Елискин, а потомки по женской линии — Елискина.

Основа «Елиск-» — скорее всего, вариант имени Елисей. В русских говорах имя Елисей нередко сокращали до Елиска, с суффиксом -к-, который придавал уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Елиска — оттуда и пошла фамилия. Мужская форма Елискин почти не зафиксирована в переписях, а вот женская Елискина закрепилась в основном за вдовами или незамужними дочерьми, которые получали фамилию от отца, но в женском роде.

Другая версия — связь с диалектным словом «елиска», которое в некоторых областях означало «ёлочка» или «маленькая ель». Тогда фамилия могла быть прозвищной: Елиской называли человека, жившего у елового леса или имевшего отношение к лесному хозяйству. Но эта гипотеза менее убедительна, так как подобные прозвища обычно давали по заметным приметам, а не по абстрактному дереву.

В любом случае, Елискина — фамилия с четкой региональной привязкой. По данным современных баз, носители сосредоточены в Поволжье, особенно в Нижегородской и Кировской областях. Это подтверждает версию о происхождении от топонима: деревни Елискино есть в этих краях, и фамилия там — не редкость.