Фамилия Элконин — редкий случай, когда географический и лингвистический анализ ведут в одну точку: в ашкеназский мир Восточной Европы. Она образована по типичной для еврейских фамилий модели: основа + суффикс -ин, обозначающий принадлежность к роду. В русском контексте суффикс -ин выполняет ту же роль, что и в фамилиях Пушкин или Ильин: «чей?» — «Элконин», то есть потомок человека по имени Элкона.

Основа фамилии — мужское личное имя Элкона (ивр. אֶלְקָנָה, Элькана). В переводе с иврита оно означает «Бог приобрел» или «Бог создал». В Танахе Элкана — муж Анны и отец пророка Самуила. Имя было широко распространено среди евреев, особенно в общинах Литвы, Беларуси и Польши, где и сформировалась фамилия.

Словообразовательная модель здесь проста: к имени Элкона прибавили русский патронимический суффикс -ин. Это характерно для фамилий, которые фиксировались в Российской империи в XIX веке при переписях или записях в метрических книгах. Чиновники часто русифицировали окончания, заменяя идишские или ивритные формы на привычные -ов, -ев, -ин. Вариант «Элконин» закрепился именно с -ин, а не с -ов, потому что основа оканчивается на гласный.

Географически фамилия тяготеет к черте оседлости: чаще всего её носители встречались в Витебской, Минской и Гродненской губерниях. В современной России она крайне редка, но встречается у потомков эмигрантов. Поскольку фамилия образована от библейского имени, она не несёт указания на профессию или сословие — предки могли быть кем угодно, от ремесленников до раввинов. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель фамилии принадлежал к ашкеназскому еврейству и его родословная восходит к человеку, которого звали Элкона.