Фамилия Элконина — одна из тех, где форма на -ин обманчиво проста, а корень уводит в сторону от привычных славянских основ. В русской модели фамилий суффикс -ин обычно крепится к основе на -а или -я (Петров, но Петин; Кузьма — Кузьмин). Здесь же основа Элконин-, и -ин оказывается не столько суффиксом, сколько частью, которая могла войти в фамилию уже в готовом виде. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени Элконя — уменьшительной формы от редкого, неканонического имени. Но что стоит за этим именем?

Самая вероятная версия ведет к еврейской ономастике. В ашкеназской традиции фамилии на -ин нередко возникали от женских имен с суффиксом -е, который в русской передаче давал -я: от имени Элка (уменьшительное от Элька, в свою очередь от Элишева или Элькана) могла появиться форма Элконя, а от неё — Элконин. В таком случае фамилия означает «принадлежащий Элконе», то есть потомок женщины по имени Элка или мужчины по имени Элькана. Последнее имя — библейское, означает «Бог создал» или «Бог приобрел», и в еврейской среде оно было распространено. Фамилия могла закрепиться на территориях черты оседлости — в Белоруссии, на Украине, в Литве, где подобные модели встречались у еврейского населения при переходе к обязательным фамилиям в XIX веке.

Менее вероятная, но не исключенная гипотеза — финно-угорский след. В языках коми и удмуртов есть корень эл- со значением «жизнь», «сила», но фамилии с таким суффиксом почти не фиксируются. Если бы основа была славянской, мы бы ожидали форму вроде Элков или Элкин, а не Элконин. Поэтому именно еврейское происхождение — наиболее обоснованное: оно объясняет и редкий корень, и суффиксальную структуру, и географию бытования.

По сословной принадлежности носители фамилии Элконина в Российской империи относились к мещанам или купцам — в еврейских общинах фамилии не давали дворянству или крестьянству, а закреплялись за городскими жителями. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в России и Израиле, и её разбор показывает, как за простым русским окончанием может скрываться совсем другая языковая и культурная история.