Фамилия Ельтоков — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже носителю языка. На первый взгляд кажется, что тут должен быть корень «ель» (дерево) или «ёл» (диалектное «ёлка»), но это ловушка. Скорее всего, перед нами искажённое или диалектное произношение тюркского имени Елток (или Илток), где первая часть означает «народ, страна» (ел/ил), а вторая — «сытый, полный» (ток). В тюркских языках такие двусоставные имена давали с пожеланием: «пусть народ будет сыт». Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов: Ельток + ов = «потомок Ельтока».

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, возникших в среде крестьян и служилых людей, но сама основа выдаёт контактную зону: южнорусские степи, Поволжье или Приуралье, где русские фамилии нередко «обрусевали» тюркские имена. Встречается написание «Елтоков» (без мягкого знака) — это не ошибка, а более старая фиксация, когда мягкость согласного не передавали на письме.

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища Ельток (от «еле ток» — «едва-едва течение»), которое могли дать медлительному или слабосильному человеку. Но эта гипотеза слабая: в русских говорах такое сочетание не зафиксировано как устойчивое прозвище, а тюркское имя даёт более логичную и распространённую модель.

Географически фамилия редкая. Основные носители встречаются в Оренбургской области и Башкортостане — регионах, где столетиями жили бок о бок русские, татары и башкиры. Вероятно, предки Ельтоковых были крестьянами или казаками, перенявшими имя от соседей-тюрков. Сословная принадлежность не прослеживается: фамилия не дворянская и не купеческая, суффикс -ов указывает на непривилегированное происхождение.