Фамилия Эмануилиди образована от имени Эмануил. Оно представляет собой один из вариантов библейского имени Иммануэль, которое в переводе с иврита означает «с нами Бог». Согласно Ветхому Завету, так должны были звать Мессию (посланца). Это имя стало использоваться с XVI столетия в двух правописных формах: Эммануэль и Иммануэль. Таким образом, потомок человека, которого звали Эмануил, со временем получил фамилию Эмануилиди.