Фамилия Эмануилов — редкий случай, когда в основе лежит не народная форма имени, а его полная книжная версия. Она образована от канонического мужского имени Эмануил (древнееврейское «Иммануэль» — «с нами Бог»). В православных святцах это имя известно в форме Мануил, а в русской бытовой среде чаще встречались уменьшительные варианты — Мануйло, Мануха, от которых пошли массовые фамилии Мануйлов, Манухин, Мануков. Эмануилов же — искусственная или семинарская фамилия.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Эмануилов буквально значит «сын Эмануила». Но в крестьянской среде такое имя почти не давали — оно было слишком длинным и непривычным для русского уха. Поэтому версия о том, что фамилия возникла в духовном сословии, выглядит наиболее убедительной. В семинариях будущим священникам нередко давали фамилии по именам святых или по библейским персонажам, причём в их полной, церковнославянской форме — так появились Давидовы, Соломоновы, Иеремиевы и, вероятно, Эмануиловы.

Есть и другой путь: фамилия могла закрепиться за потомками греческих или южнославянских переселенцев. У греков имя Мануил (Μανουήλ) было распространено, и при русификации оно могло перейти в полную форму Эмануил. В таком случае фамилия указывала бы на этническое или культурное происхождение предка.

Встречается Эмануилов почти исключительно на юге России и в Закавказье — в Ростовской области, Ставрополье, Краснодарском крае, а также среди армян и греков, переселившихся в XIX веке. Фамилия осталась редкой, не попала в массовые списки и не обросла легендами. Её носители — это, скорее всего, потомки либо священников, получивших фамилию при поступлении в семинарию, либо выходцев из греческих колоний Приазовья.