Основой фамилии Эммануйлова послужило церковное имя Эммануил. Имя Эммануйло представляет собой просторечный вариант библейского имени Эммануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». Согласно Ветхому Завету, так должны были звать Мессию (посланца). В истории православия известно пять святых покровителей имени Эммануил. Скорее всего, основатель рода Эммануйловых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Эммануйло, со временем получил фамилию Эммануйлова.