Фамилия Эммануйлов — одна из тех, что выдают церковное или библейское происхождение. В её основе лежит имя Эммануил (вариант — Мануил), которое восходит к древнееврейскому «Иммануэль» — «с нами Бог». В христианской традиции это одно из имён Иисуса Христа, встречающееся в пророчестве Исайи. Однако в бытовой, нерелигиозной среде имя закрепилось и как личное, особенно в среде греческого и южнославянского духовенства.

Модель образования фамилии проста: к основе Эммануил- добавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Это значит, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Эммануил. Написание через «й» (Эммануйлов, а не Эммануилов) — результат фонетического упрощения: в живой речи сочетание «ии» часто стягивалось в «ий», что и закрепилось на письме. Такая орфография не ошибка, а исторически сложившийся вариант.

Редкость фамилии — в её корне. В русской среде имя Эммануил было не столь популярно, как, скажем, Иван или Пётр. Чаще оно встречалось у священников, особенно в тех семьях, где детей нарекали по святцам в честь библейских персонажей. Поэтому предки Эммануйловых, скорее всего, происходили из духовного сословия. Подтверждение этому — традиция давать «календарные» имена, которые в крестьянской среде были редкостью.

В отличие от фамилий, образованных от мирских прозвищ или профессий, Эммануйлов несёт явный книжный, церковный отпечаток. Это не фамилия ремесленника или крестьянина, а скорее маркер принадлежности к образованному слою — пусть и узкому. В дореволюционных семинариях такие имена давали нередко, и выпускники, получая фамилию от имени отца, закрепляли её за собой.

Географически фамилия могла встречаться в центральных губерниях России, где было много церковных школ и семинарий, а также на юге, в среде греческого или украинского духовенства. Однако точных статистических данных по её распространению мало — фамилия остаётся редкой и сегодня. Встретить её можно скорее в городской среде, среди потомков священнослужителей или выходцев из духовного сословия.