Фамилия Емануйлски — редкий случай, когда географическая привязка к Балканам прослеживается прямо в суффиксе. В русской традиции фамилии на -ский обычно указывают на географическое происхождение или принадлежность к месту, но здесь модель иная: суффикс -ски (в русской передаче -ский) — характерный маркер болгарских, македонских и сербских фамилий. В этих языках он выполняет ту же роль притяжательности, что и русские -ов/-ев: буквально «сын (или потомок) Эмануила».

Основа фамилии — библейское имя Эммануил (ивр. Иммануэль — «с нами Бог»). В Ветхом Завете это имя пророчески относилось к грядущему Мессии, а в Новом Завете — к Иисусу Христу. В просторечии имя сократилось до формы Эмануил (или Емануил), которая и легла в основу фамилии. Покровителем имени считается святой мученик Эммануил, казнённый за веру в 304 году в Сирмии (современная Сербия) вместе с Феодосием.

Таким образом, фамилия Емануйлски буквально значит «из рода Эмануила». Её носители — потомки человека, которого в крещении или в быту звали Эмануилом. В отличие от русских фамилий на -ов (типа Емануилов), балканский суффикс -ски сохраняет память о южнославянских корнях семьи: скорее всего, предки жили на территории современных Болгарии, Северной Македонии или Сербии. В русском языке форма Емануйлски — это адаптированное написание исходной болгарской или македонской фамилии, где буква «й» передаёт мягкость звучания.