Фамилия Емануйлов — редкий случай, когда основа угадывается почти сразу, но написание уводит в сторону от очевидного. В её основе лежит каноническое имя Еммануил (от древнееврейского «с нами Бог»). В русскую традицию имя пришло через греческое посредничество, и в народном произношении начальное «Э» часто переходило в «Е», а двойная «м» упрощалась. Так Эммануил превращался в Емануила (с одной «м»). Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к полной форме имени добавили суффикс -ов, указав на принадлежность потомку человека по имени Емануил.

Однако есть любопытная деталь, которая отличает эту фамилию от большинства «имённых» фамилий. В русской ономастике фамилии от имени Еммануил обычно выглядят как Еммануилов (с двумя «м») или Иммануилов. Написание с одной «м» и через «Е» — признак того, что фамилия закрепилась в простонародной среде, где книжную форму имени адаптировали на слух. Это говорит о том, что носитель фамилии вряд ли принадлежал к духовенству или дворянству (где имя Еммануил встречалось чаще и сохраняло исходное написание), а скорее был выходцем из крестьян или мещан, получившим фамилию по имени деда или отца.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, а также к казачьим регионам. Встречается она нечасто, что связано с редкостью самого имени Еммануил в православных святцах (оно не входило в основной месяцеслов, а давалось при крещении редко, чаще как монашеское или «именное»). Поэтому Емануйловы — это, скорее всего, потомки либо человека, получившего имя в честь библейского пророчества, либо выходца из среды старообрядцев, где такие редкие имена иногда использовали.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту версию. Есть фамилия Емануйлов — вариант с суффиксом -ев, который мог появиться, если основа оканчивалась на мягкий согласный (Емануиль). Но более распространён именно Емануйлов, что указывает на окончательное оформление фамилии уже в официальных документах, где имя записали как Емануил. Таким образом, фамилия сохранила живую народную транскрипцию редкого библейского имени, и её носители могут с большой вероятностью считать, что их предок был либо набожным человеком, либо получил имя по церковному календарю в честь одного из святых, носивших это имя (например, мученика Еммануила).