Фамилия Емануйлова — женская форма от мужской Емануйлов, а та, в свою очередь, образована от редкого русского канонического имени Емануил. Это вариант библейского имени Иммануил (Эммануил), что в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В православных святцах имя встречается в формах Мануил, Эммануил, а Емануил — народная, упрощённая версия, закрепившаяся в речи.

Основа фамилии — имя Емануил, к которому добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Емануила». Со временем окончание -ов стало фамильным. Форма Емануйлова, а не Емануилова, выдает живое произношение: в разговорной речи безударный звук [и] редуцировался, и имя стали писать через «й» — так, как слышали. Это характерно для многих фамилий от имён на -ил (Архангельский — Архангельсков, Данил — Данилов).

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где старые формы церковных имён дольше сохранялись в быту. Встречается преимущественно у потомков крестьян и мещан, получивших фамилии после отмены крепостного права. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — имя Емануил было распространено в народе, а не в высших сословиях.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять её уникальность. Есть фамилии Мануйлов (от сокращённой формы Мануйло), Иммануилов (книжная, редкая), Емануилов (без перехода в «й»). Емануйлова стоит в этом ряду как самая «обрусевшая» — с полным приспособлением церковного имени к бытовой фонетике. Встречается ли она в дореволюционных метриках? Да, но нечасто: имя Емануил никогда не было массовым, а значит, носители фамилии — потомки довольно узкого круга семей, где это имя передавали из поколения в поколение.