Фамилия Емануилов — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не каноническое церковное имя, а его фонетический вариант. Исходная форма — Эмануилов, от имени Эмануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В Ветхом Завете так называли Мессию, и это сразу выделяет имя из ряда обычных крестильных: оно несло прямую сакральную нагрузку.

В русской традиции имя закрепилось с XVI века, но в двух вариантах написания: Эммануэль и Иммануэль. Форма «Емануил» — это уже местная, народная переработка. Начальное «Э» в живой речи сменилось на «Е»: так было проще произносить, и это соответствует общей фонетической привычке избегать непривычного звука в начале слова. Поэтому Емануилов — не ошибка писаря, а естественный результат бытования имени в среде, где греческие и еврейские заимствования перекраивались на русский лад.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе имени Емануил добавили типичный патронимический суффикс -ов. Фамилия означает «сын Емануила» и указывает на то, что предок носителя — человек, названный этим библейским именем. Такие фамилии обычно получали не крестьяне, а люди из среды духовенства или грамотные горожане: имя было книжным, редким, и вряд ли его дали бы случайно.

Поскольку фамилия редкая, её география, скорее всего, связана с южными или центральными губерниями, где фиксировались варианты с «Е» вместо «Э». Сравните с однокоренными: Эммануилов, Иммануилов — все они восходят к одному корню, но Емануилов — самый русифицированный вариант, утративший начальный призвук. Другие версии происхождения маловероятны: связывать фамилию с каким-то прозвищем или профессией не позволяет её прозрачная структура.