Основой фамилии Емануилов послужило имя Емануил. Фамилия Емануилов представляет собой фонетический вариант фамилии Эмануилов, которая восходит к имени Эмануил. Это имя в переводе с древнееврейского языка означает «с нами Бог». Согласно Ветхому Завету, так должны были звать Мессию (посланца). Это имя стало использоваться с XVI столетия в двух правописных формах: Эммануэль и Иммануэль. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Емануил, со временем получил фамилию Емануилов.