Фамилия Еманов образована от мирского имени или прозвища Еман. В его основе лежит диалектное слово «еман», которое в сибирских говорах означало «козел». Такое имя относилось к группе «животных» имен: давая ребенку имя Еман, родители верили, что природа будет воспринимать его как своего и передаст ему качества, приписываемые этому животному — выносливость, упорство.

Само слово «еман» скорее всего заимствовано из монгольского «яман» — «коза, козий». Однако география фамилии вносит в эту версию любопытный нюанс. Фамилия Еманов записана в документах на юго-западе Ульяновской области (село Андреевка), а это значит, что слово бытовало в русских говорах еще до начала массового освоения Сибири. То есть корень мог прийти не напрямую из монгольского через сибирские диалекты, а через тюркские языки Поволжья, где слово «яман» также означает «коза» или «плохой, дурной» (в зависимости от языка и контекста). Вторая версия, хоть и менее вероятна, связывает прозвище с тюркским «яман» в значении «плохой, злой» — так могли прозвать человека с крутым нравом.

Одно из первых упоминаний фамилии относится к XVI веку: в исторических документах значится пушкарь Еманов из Лебедяни (1569 год). Это говорит о том, что уже в ту пору фамилия была распространена не только в крестьянской, но и в служилой среде. Потомок человека по имени Еман со временем получил фамилию по стандартной восточнославянской модели — с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «чей?» — Еманов.