Фамилия Емануилова — женская форма редкой фамилии Емануилов. Она образована от мужского имени Емануил — просторечного, народного варианта библейского имени Эммануил (др.-евр. «иммануэль» — «с нами Бог»). В русской традиции имя попало через греческое посредничество и долго бытовало в простонародье в усечённом виде: Еман, Емануйло, Емануил. Собственно, основа фамилии — церковное имя, но в нестандартной огласовке, без начального «э».

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий XIX века: «чей?» — Емануилов, то есть сын Емануила. Женская форма на -а — стандартное окончание, обозначающее жену или дочь носителя фамилии. Если бы фамилия возникла в украинской или белорусской среде, она, скорее всего, звучала бы как Емануиленко или Емануильский. Форма на -ов однозначно указывает на великорусское происхождение, вероятнее всего — из среды крестьян или мещан, где библейские имена нередко искажались до неузнаваемости.

Интересно, что фамилия Емануилов встречается крайне редко, в основном на юге России и в Поволжье. В метрических книгах XIX века попадаются единичные записи о крестьянах Емануиловых в Воронежской и Саратовской губерниях. Имя Эммануил в православных святцах есть, но оно никогда не было массовым, поэтому и фамилия осталась штучной. В отличие от более частых «библейских» фамилий вроде Иванов или Петров, Емануилова — свидетельство того, что предок носил редкое, почти торжественное имя, но в его народном, бытовом варианте.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Емануйло, данного человеку с кротким нравом или набожному — по ассоциации с евангельским «С нами Бог». Но прямых доказательств этому нет. Наиболее правдоподобно, что перед нами просто патроним от имени, которое в официальных документах писали как Емануил, а в быту звали Еман или Емануйло.