Фамилия Емеин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она похожа на типичную «матронимическую» фамилию, образованную от женского имени через суффикс -ин. Такие фамилии давали по матери, если отец был неизвестен или отсутствовал: Марьин, Аннин, Дарьин. Но женское имя Емея в русском обиходе не встречается, поэтому версия с матронимом отпадает почти сразу.

Куда вероятнее, что в основе лежит прозвище Емея. В русских говорах «емея» — диалектное слово, означающее «еда», «снедь», «корм», а в некоторых регионах — «обжора» или «тот, кто много ест». Прозвище могли дать любителю плотно поесть, человеку с хорошим аппетитом или, в переносном смысле, тому, кто «проедает» чужое добро. Суффикс -ин в таком случае указывает на принадлежность: «сын Емеи» или «из семьи Емеи».

Менее распространённая, но лингвистически возможная гипотеза — связь с диалектным глаголом «емеить» (есть, поглощать пищу). В этом случае прозвище Емея могло возникнуть от действия, а не от имени нарицательного. Оба варианта сходятся в одном: фамилия связана с темой еды и насыщения, что характерно для русских прозвищ, отражавших бытовые привычки.

Фамилия Емеин почти не встречается в крупных исторических документах, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в северных или центральных губерниях, где диалектная лексика была особенно богата. В современной России носителей фамилии единицы, и найти её можно преимущественно в сельской местности или в малых городах.